در سال ۱۳۷۳ یک مرکز دانشگاهی در نیشابور با ایجاد دو رشته مهندسی صنایع غذایی و علوم اجتماعی گرایش پژوهشگری تاسیس و راه اندازی شد. سال ۱۳۷۸ این مرکز دانشگاهی با ایجاد یک دانشکده هنر فعالیت خود را با پذیرش دانشجو در رشته نقاشی گرافیک و مجسمه سازی ادامه داد و در آبان ماه ۱۳۸۵ با افزوده شدن دو دانشکده ادبیات و علوم انسانی و علوم پایه بر اساس موافقت اصولی دفتر گسترش آموزش عالی به مجتمع آموزش عالی نیشابور ارتقاء یافت. بر اساس موافقت اصولی دفتر گسترش آموزش عالی ، در سال ۱۳۸۸ شورای گسترش آموزش عالی با استقلال قطعی مجتمع آموزش عالی نیشابور از دانشگاه فردوسی مشهد موافقت نمود. پس از آن با اقدامات برنامه‌ریزی‌شده مجموعه ریاست و مدیران ، این مهم یعنی ایجاد یک دانشگاه دولتی که آرزوی دیرینه مردم این ابر شهر تاریخی علم و ادب بوده است تحقق یافت و در فاصله کمتر از یکسال با اخذ مجوز ایجاد دو دانشکده کشاورزی و فنی و مهندسی ،به دانشگاه نیشابور ارتقا پیدا کرد.پس از آن دانشگاه نیشابور فعالیت خود را با 8 رشته در مقطع کارشناسی و در سه ساختمان و در سطح شهرستان نیشابور ادامه داد.هم اکنون ، دانشگاه نیشابور به طور متمرکز در چهار دانشکده فعال علوم پایه، فنی مهندسی،علوم انسانی و هنر در 16رشته مقطع کارشناسی؛ ریاضیات و کاربردها، آمار وکاربردها، فیزیک، مهندسی برق، زبان و ادبیات فارسی، زبان و ادبیات انگلیسی، آموزش زبان انگلیسی، باستان شناسی، جامعه شناسی،علوم ورزشی، مهندسی نساجی، مهندسی پزشکی،مجسمه سازی، نقاشی و ارتباط تصویری و نیز در 14رشته مقطع کارشناسی ارشد مهندسی مکاترونیک،تاریخ گرایش مطالعات تاریخ تشیع،فیزیک گرایش ماده چگال، فیزیک هسته ای، فیزیک حالت جامد، فیزیک ذرات بنیادی، شیمی فیزیک، ریاضی محض، ریاضی کاربردی، باستان شناسی، زبان و ادبیات فارسی،نقاشی، پژوهش هنرو تصویر سازی مشغول انجام فعالیت آموزشی و پژوهشی می‌باشد.