در سال ۱۳۷۳ یک مرکز دانشگاهی در نیشابور با ایجاد دو رشته مهندسی صنایع غذایی و علوم اجتماعی گرایش پژوهشگری تاسیس و راه اندازی شد. سال ۱۳۷۸ این مرکز دانشگاهی با ایجاد یک دانشکده هنر فعالیت خود را با پذیرش دانشجو در رشته نقاشی گرافیک و مجسمه سازی ادامه داد و در آبان ماه ۱۳۸۵ با افزوده شدن دو دانشکده ادبیات و علوم انسانی و علوم پایه بر اساس موافقت اصولی دفتر گسترش آموزش عالی به مجتمع آموزش عالی نیشابور ارتقاء یافت. بر اساس موافقت اصولی دفتر گسترش آموزش عالی ، در سال ۱۳۸۸ شورای گسترش آموزش عالی با استقلال قطعی مجتمع آموزش عالی نیشابور از دانشگاه فردوسی مشهد موافقت نمود. پس از آن با اقدامات برنامه‌ریزی‌شده مجموعه ریاست و مدیران ، این مهم یعنی ایجاد یک دانشگاه دولتی که آرزوی دیرینه مردم این ابر شهر تاریخی علم و ادب بوده است تحقق یافت و در فاصله کمتر از یکسال با اخذ مجوز ایجاد دو دانشکده کشاورزی و فنی و مهندسی ،به دانشگاه نیشابور ارتقا پیدا کرد.پس از آن دانشگاه نیشابور فعالیت خود را با 8 رشته در مقطع کارشناسی و در سه ساختمان و در سطح شهرستان نیشابور ادامه داد.هم اکنون ، دانشگاه نیشابور به طور متمرکز در چهار دانشکده فعال علوم پایه، فنی مهندسی،علوم انسانی و هنر در 11رشته مقطع کارشناسی؛ ریاضیات و کاربردها، آمار، فیزیک، مهندسی برق، زبان و ادبیات فارسی، زبان و ادبیات انگلیسی، آموزش زبان انگلیسی، باستان شناسی، مجسمه سازی، نقاشی و ارتباط تصویری و نیز در 10رشته مقطع کارشناسی ارشد فیزیک هسته ای، فیزیک حالت جامد، فیزیک ذرات بنیادی، شیمی فیزیک، ریاضی محض، ریاضی کاربردی، باستان شناسی، زبان و ادبیات فارسی، پژوهش هنرو تصویر سازی مشغول انجام فعالیت آموزشی و پژوهشی می‌باشد.